Pengadilan Agama Palangka Raya sebagai salah satu Lembaga Peradilan yang menyelenggarakan Kekuasaan Kehakiman dengan tugas pokok sebagaimana tersebut dalam Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009, yakni : Menerima, memeriksa dan mengadili serta menyelesaikan perkara di tingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam di bidang :

1. Perkawinan
2. Waris
3. Wasiat
4. Hibah
5. Wakaf
6. Zakat
7. Infaq
8. Shadaqah dan
9. Ekonomi Syari’ah

Pengadilan Agama sebagai salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman menegakan Hukum dan Keadilan, dalam pelaksanaannya dijabarkan sebagai berikut :

1. Menerima perkara sesuai dengan wewenangnya
2. Memeriksa perkara sesuai hukum acara yang berlaku
3. Mengadili serta menyelesaikan perkara sesuai dengan  Peraturan Perundang-undangan yang berlaku

Selain tugas pokok dan fungsi tersebut, Pengadilan Agama Palangka Raya juga mempunyai tugas lainnya sebagai berikut :

1. Memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum Islam kepada instansi Pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam pasal 52 ayat (1) undang-undang nomor Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009.
2. Memberikan pelayanan penyelesaian Pertolongan Pembagian Harta Peninggalan (P3HP) diluar sengketa antara orang-orang yang beragama Islam sebagaimana diatur dalam pasal 107 ayat (2) Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009.
3. Waarmerking Akta Keahliwarisan dibawah tangan untuk pengambilan deposito / tabungan, pensiunan dan sebagainya.
4. Melaksanakan tugas-tugas pelayanan lainya seperti penyuluhan hukum, dan sidang Itsbat ru’yatul hilal apabila ada yang mengajukan, memberikan pelayanan riset/penelitian, pengawasan terhadap penasehat hukum